Il principio di fondo della naturopatia, comune peraltro a molte discipline olistiche, è che l’essere vivente possieda sin dalla nascita un determinato quantitativo di energia vitale, che governa ogni processo biochimico seguendo un modello di 'intelligenza biologica' (vis medicatrix naturae, il potere curativo della natura): è appunto la quantità di energia vitale di ogni persona - che varia nel tempo - a determinarne la salute o la malattia.
La naturopatia valuta questa “capacità” vitale e aiuta il soggetto a conservarla o a ripristinarla in caso di squilibri e disfunzioni. A questo scopo utilizza - in maniera integrata - molteplici metodi e tecniche naturali, tra cui le erbe e altri rimedi vegetali.
I concetti fondamentali della naturopatia sono quindi: il rispetto delle leggi biologiche che regolano la vita; l’attenzione rivolta alla persona e non solo al suo disturbo; il riequilibrio energetico; la corretta alimentazione; la disintossicazione dell’organismo.